A legrégebbi magyar egyházmegyéket még első királyunk, Szent István alapította. 1077 táján íródott nagy legendája szerint „A legkeresztényibb fejedelem tartományait tíz püspökségre osztotta, az esztergomi egyházat a római apostoli szék jóváhagyásával és egyetértésével a többiek fejévé és felügyelőjévé tette.” Magyarország prímása a hagyományoknak megfelelően ma is az esztergomi egyházmegye utódának, az Esztergom-Budapesti Főegyházmegyének az érseke. Az egyházmegyék határai és központjai a történelmi változások ellenére részben ezt a Szent István idején keletkezett struktúrát őrzik napjainkig.
A magyar római katolikus egyházmegyék jelenlegi felosztása éppen harmincéves. Szent II. János Pál 1993 pünkösd vasárnapján kelt, Hungarorum gens kezdetű bullájával két új egyházmegyét is alapított, az egyik a Dunántúlon a Kaposvári Egyházmegye Kaposvár székhellyel, valamint a Tiszántúlon a Debrecen-Nyíregyházi Egyházmegye Debrecen székhellyel. Négy érsekség működik Magyarországon, az általuk vezetett egyháztartományok alá két-két egyházmegye tartozik: az esztergom-budapesti érsekséghez Győr és Székesfehérvár, a kalocsa-kecskemétihez Pécs és Szeged-Csanád, az egrihez Vác és Debrecen-Nyíregyháza, a veszprémihez Kaposvár és Szombathely. Önálló a 996 óta létező bencés Pannonhalmi Területi Apátság.
Hazánkban nagyszámú görögkatolikus is él, jobbára az ország keleti részén, valamint a nagyobb városokban. Ők a Görögkatolikus Metropólia fennhatása alá tartoznak. Az 1912-es alapítású Hajdúdorogi Egyházmegye előtt a magyar anyanyelvű és identitású görögkatolikusok két ószláv és három román liturgikus nyelvű egyházmegyében éltek (ezek az 1920-as trianoni békeszerződéssel a mai Magyarország területén kívülre kerültek). A mai görögkatolikus egyházi struktúrát Ferenc pápa alakította ki 2015-ben, amikor létrehozta a debreceni székhelyű Magyarországi Görögkatolikus Sajátjogú Metropolitai Egyházat, ez alá tartozik a Hajdúdorogi Főegyházmegye emellett a Miskolci, illetve a Nyíregyházi Egyházmegye.
Egyes lelkipásztori feladatokat és az állammal való kapcsolattartást az ország püspökeinek egyesülése, a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia látja el.