A magyar társadalomban a XIX. századtól kezdve fokozatosan terjedő szekularizáció azt eredményezte, hogy az 1635-ben Pázmány Péter bíboros, prímás által Nagyszombatban alapított egyházi egyetemet, mely az 1770-es évek folyamán állami (királyi) kezelésbe került, nem lehetett a maga egészében katolikus szellemben működtetni. Ezért újra meg újra felmerült annak gondolata, hogy a Hittudományi Kar leválasztásával, vagy attól függetlenül új alapítással katolikus egyetemet hozzanak létre. A XIX. század folyamán egyébként ugyanilyen okból Nyugat-Európa több országában és Amerikában létre is jöttek katolikus egyetemek. Ezek az intézmények nem tévesztendők össze a középkori, még állami és társadalmi szinten is a kereszténység mellett elkötelezett országokban alapított egyetemekkel. Éppen a vallás, állam, társadalom középkori egységének megbomlása tette szükségessé az egyetemeknek ezt az új típusát. A hazai katolikus egyetemalapítási kísérletek azonban egészen a XX. század utolsó évtizedéig sikertelenek maradtak. Ennek végső oka egyrészt az volt, hogy a Magyar Királyság és a Katolikus Egyház teljes jogi elválasztása mindvégig nem történt meg. Másrészt 1948. és 1989. között a hivatalos ideológia nem tette lehetővé új katolikus felsőoktatás kibontakozását.
1989 folyamán állami részről javaslatok hangzottak el a Pázmány Péter Római Katolikus Hittudományi Akadémia visszacsatolására az Eötvös Loránd Tudományegyetemhez. Csakhogy Magyarországon a Hittudományi Kar leválasztása az állami egyetemről másként történt, mint pl. a szomszédos Csehszlovákiában. 1950-ben ugyanis a Magyar Népköztársaság Elnöki Tanácsának 23/1950. számú rendelete arról intézkedett, hogy a teológiai karokat le kell választani az egyetemekről, és át kell adni azokat az illetékes egyházaknak. Így a Magyar Katolikus Püspöki Kar az egyetemről leválasztott Hittudományi Kart Római Katolikus Központi Hittudományi Akadémia néven újraszervezte. Az állam ezt az intézményt nyilvános jogú akadémiának ismerte el, és saját jogrendjében is meghagyta neki a tudományos fokozatok adásának lehetőségét. Mivel tehát a budapesti Hittudományi Kar 1989-ben is tisztán egyházi intézmény volt, az állam egyoldalú intézkedéssel nem egyesíthette azt állami egyetemmel. Ehhez, hittudományi karról lévén szó, az Apostoli Szentszék hozzájárulása lett volna szükséges. Ez azonban sohasem érkezett meg, mivel a Magyar Köztársaság és az Apostoli Szentszék közötti diplomáciai kapcsolatok helyreállítására csak 1990. elején (II. 9-én) került sor. Ezt követően indult el az a folyamat, amely a Pázmány Péter Katolikus Egyetem mai formájában történő létrehozásához vezetett.