A Pázmány Péter Katolikus Egyetem a névadó Pázmány Péter esztergomi érsek által alapított Nagyszombati Egyetem Hittudományi Kara, később a Római Katolikus Hittudományi Akadémia hivatalos jogutódja, amelyet Egyetemként Magyarország Országgyűlése 2/1993-as számú (II.4.) határozatával ismert el. 1999 óta szentszéki alapításúnak minősül. Ennek megfelelően az Egyetem a Magyar Felsőoktatási Akkreditációs Bizottság által teljes hatállyal akkreditált, államilag elismert felsőoktatási intézmény, amely oktatási tevékenységét túlnyomó részben Budapesten, kisebb részben pedig Esztergomban folytatja.
Az Egyetem legrégebben létrejött Hittudományi Kara, amely egyházi fakultás jelleggel is bír, 1998 óta a Veres Pálné utcában folytatja képzési tevékenységét. Az osztatlan katolikus teológusképzés mellett a Kar katekéta-lelkipásztor munkatárs, katolikus közösségszervező, hittanár nevelőtanár, valamint katolikus kánonjogász szakokon folytat oktatási tevékenységet.
A későbbi Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kar 1992-ben vált önálló oktatási egységgé az Apostoli Szentszék jóváhagyásával. Működését Budapesten kezdte meg, és két évvel később tette át székhelyét Piliscsabára, egy volt szovjet laktanya területére, a Makovecz Imre által tervezett campusra. Az elzárt jelleg, a fővárostól való távolság és a formabontó épületek fenntartásának magas költségei miatt a kar végül a 2013-tól beköltözött Budapestre.
A Jog- és Államtudományi Kar 1995 áprilisában kezdte meg működését. Székhelye a Szentkirályi utcában található, elnevezésbeli különbsége más magyar jogi karhoz képest Zlinszky János alapító dékán hitvallásán nyugszik, előtérbe helyezve a jogtudományt az államtudományokkal szemben.
Az 1998 óta működő Információs Technológiai és Bionikai Kar a Práter utcában található, képzései az információs technológiák és élettudományok körül forognak. Alapításának célja a multidiszciplináris kutatóegyetemi képzés bázisának létrehozása, vezéralakja Roska Tamás akadémikus volt.
Az Egyetem önálló karjogú fakultása a Kánonjogi Posztgraduális Intézet.