A korabeli városvezetés a 19. század elején felfigyelt Budapest VII. kerületében, Erzsébetvárosban a római katolikus hívek jelentős növekedésére, így támogatta egy önálló templom és plébánia építését. Simor János bíboros, hercegprímás engedélyével 1881-re létrejött egy ideiglenes kis templom, mely 1905-től, az Istenszülő Szűz Máriáról elnevezett görög katolikus templomként maradt fenn. Az Erzsébetvárosi Polgári Kör kezdeményezésére egy nagy templomot kívántak építeni Árpád-házi Szent Erzsébetnek titulálva és védnökéül Erzsébet királynét kívánták megnyerni. Simor János hercegprímás megvásárolta a tér közepén lévő telket és 1889 szeptemberében pályázatot írtak ki a templom megtervezésére. Steindl Imre neogótikus terve nyerte el a megvalósítást, majd az építkezést 1893. szeptember 1-én kezdték el. Az új templom átadását a millenniumra tervezték, de a felszentelési időpontot több ízben halasztani kellett, többek közt a királyné ellen elkövetett halálos merénylet miatt is. A templomfalak már álltak, amikor 1895. október 20-án Ferenc József jelenlétében sor került az alapkő-letételi ünnepségre, melyet Vaszary Kolos bíboros, hercegprímás vezetett. A templom külsejének építését 1897 végére fejezték be. A templom főoltára Steindl Imre életművében egyedi: A szentségházat oldalról fülkesor tagolja, az épületszerű építményből kereszthajóként kiemelkedve ereklyetartóra emlékeztet, amelynek legfelső szintjén a keresztre feszített Krisztus látható, lábainál Szűz Mária és Szent János alakja helyezkedik el. A templom felszentelésére 1901. május 16-án került sor. A szentelési szertartást Kohl Medárd püspök végezte, a nagymisét pedig Schlauch nagyváradi bíbornok püspök tartotta. A feljegyzések szerint a király a mise alatt végig térdelt a számára fenntartott zsámolyon.
A I. világháború idején rekvirálták az eredeti öt harangot és napjainkig csak kettőt sikerült pótolni, a Szent László és a Szent Margit harangot. A II. világháború során a templom előtti térre bomba esett, aminek következtében a templom ablakainak nagy része összetört. Az ostrom alatt több helyen is megrongálódott a templom. Mivel nem tudták megfelelően renoválni, az épület az 1980-as évekre rossz műszaki állapotba került, majd 1992-től megkezdődtek a felújítási munkálatok. 1995-től műemlékké nyilvánították.
A templom művészi értékét emelik a Zsolnay-gyár által kivitelezett alkotások.